堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻陈源和苏云并不知道飞船上的情形，当时陈源看见飞船舱门关上的时候，就不再担心飞船会出事了，在陈源意识中，那些怪鸟攻击力虽然强大，但对于坚固的飞船还是没辙的，根本就不知道，如果飞船上没有夏草在，那艘飞船已经被关在大厅里的五只怪鸟玩完了。向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
